济宁市港航局是主管全市港航工作的行政机关，主要职责是：制定全市港航事业发展战略，编制全市水路运输发展规划，监督管理全市水路运输市场和基础设施建设市场，规范市场行为，负责全市水路运输的船舶检验、船员培训及全市港口、航道布局规划，组织港航基础设施的建设、养护和管理，负责全市水上交通安全的监督管理和全市航运规费的征收、管理。目前，市港航局机关内设办公室、人事科、计财科、水运安全科、航政法规科、监察室、六个科室，下辖21个事业单位，其中: 市地方海事局为正处级事业单位, 市航道管理处、市水路交通稽查支队为副处级事业单位。